ChemSpider

ChemSpider
Inhoud
Beskrywing	'N Chemiese struktuurdatabasis wat vinnige toegang bied tot meer as 100 miljoen strukture, eienskappe en gepaardgaande inligting.
Kontak
Navorsingsentrum	Raleigh, Noord-Carolina , Verenigde State
Laboratorium	Antony J. Williams; Royal Society of Chemistry ;
Toegang
Webwerf	www.chemspider.com
Gereedskap
Losstaande	https://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
Diverse
Lisensie	Creative Commons- toeskrywing Gedeeltelik

ChemSpider is 'n databasis van chemikalieë . ChemSpider word besit deur die Royal Society of Chemistry . ^[3]^[4]^[5]^[6]^[7]

Databasis

Die databasis bevat inligting oor meer as 100 miljoen molekules uit meer as 270 databronne, insluitend: ^[8]

EPA DSSTox ^[9]
Amerikaanse voedsel- en dwelmadministrasie (FDA)
Menslike metaboliese databasis
Tydskrif vir heterosikliese chemie
KEGG
KUMGM
LeadScope
LipidMAPS
Marinlit
MDPI
MICAD
MLSMR
MMDB
MOLI
MTDP
Nanogen
Aard Chemiese Biologie
NCGC
NIAID
National Institutes of Health (NIH)
NINDS-goedgekeurde program vir die keuring van dwelms
NIST
NIST Chemie Webboek
NMMLSC
NMRShiftDB
PANACHE
PCMD
PDSP
Peptiede
Prous Science Drugs of the Future
QSAR
R & D-chemikalieë
San Diego Sentrum vir Chemiese Genomika
SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
SMID
Spesifikasies
Strukturele genomika-konsortium
Sekerlik
Synthon-Lab
Thomson Pharma
Totale TOSLab-boublokke
UM-BBD
UPCMLD
NuttigChem
Web of Science
xPharm

Elke chemikalie kry 'n unieke identifiseerder wat deel vorm van 'n ooreenstemmende URL. Byvoorbeeld, asetoon is 175, en dus het die URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

Crowdsourcing

Die ChemSpider-databasis kan opgedateer word met gebruikersbydraes, insluitend chemiese struktuurafsetting , spektra-afsetting en gebruikerskurasie. Dit is 'n Crowdsourcing- benadering om 'n aanlyn chemie-databasis te ontwikkel. Die samestelling van die gegewens op 'n groot skaal het 'n woordeboek met chemiese name wat verband hou met chemiese strukture opgelewer , wat in die teksontginning van biomediese en chemiese literatuur gebruik is. ^[10]

Daar word egter nie afstand gedoen van databasisregte nie en 'n datadump is nie beskikbaar nie; trouens, die FAQ stel selfs in dat slegs beperkte downloads toegelaat word: ^[11] daarom is die reg op vurk nie gewaarborg nie en kan die projek nie as gratis / oop beskou word nie .

Soek

'N Aantal beskikbare soekmodules word aangebied:

Met die standaardsoektog kan navraag gedoen word na sistematiese name , handelsname en sinonieme en registernommers
Die gevorderde soektog laat interaktiewe soektogte toe volgens chemiese struktuur, chemiese onderbou, met behulp van ook molekulêre formule en molekulêre gewig , CAS- getalle, verskaffers, ens. Die soektog kan gebruik word om reeds gevind resultate te vergroot of te beperk.
Struktuursoektog op mobiele toestelle kan gedoen word met gratis programme vir iOS (iPhone / iPod / iPad) ^[12] en vir die Android (bedryfstelsel) . ^[13]

Chemie-dokumentopslag

Die ChemSpider-databasis is gebruik in kombinasie met teksontginning as basis vir die opmaak van chemiedokumente . ChemMantis, ^[14] die Chemie Markup en nomenklatuur Transformasie geïntegreerde stelsel gebruik algoritmes om chemiese name van dokumente en webblaaie en vat die chemiese name chemiese strukture met behulp van naam-na-struktuur omskakeling algoritmes en identifiseer en te onttrek woordeboek look-ups in die ChemSpider databasis. Die resultaat is 'n geïntegreerde stelsel tussen chemiedokumente en inligtingopsporing via ChemSpider in meer as 150 databronne.

Geskiedenis

ChemSpider verkry deur die Royal Society of Chemistry (RSC) in Mei 2009. ^[15] Voor die verkryging deur RSC, ChemSpider is beheer deur 'n private maatskappy, ChemZoo Inc. Die stelsel is vir die eerste Maart 2007 van stapel gestuur in 'n beta-vrystelling vorm en oorgeskakel om in Maart 2008 vry te stel.

Dienste

'N Aantal dienste word aanlyn beskikbaar gestel. Dit sluit in die omskakeling van chemiese name te chemiese strukture , die geslag van SMILES en InChI snare sowel as die voorspelling van baie fisies-chemiese parameters en integrasie van 'n web diens sodat KMR voorspelling.

Sintetiese bladsye

SyntheticPages is 'n gratis interaktiewe databasis van sintetiese chemieprosedures wat deur die Royal Society of Chemistry bedryf word . ^[16] Gebruikers dien sintetiese prosedures in wat hulle self uitgevoer het vir publikasie op die webwerf. Hierdie prosedures kan oorspronklike werke wees, maar dit is meer dikwels gebaseer op literêre reaksies. Aanhalings om die oorspronklike gepubliseerde prosedure gemaak waar toepaslik. Dit word deur 'n wetenskaplike redakteur nagegaan voordat dit gepos word. Die bladsye ondergaan nie formele eweknie-evaluering soos 'n wetenskaplike tydskrifartikel nie, maar opmerkings kan deur aangemelde gebruikers gelewer word. Die kommentaar word ook deur wetenskaplike redakteurs gemodereer. Die bedoeling is om praktiese ervaring in te samel oor hoe om nuttige chemiese sintese in die laboratorium uit te voer. Terwyl eksperimentele metodes wat in 'n gewone akademiese tydskrif gepubliseer word, formeel en bondig gelys word, word die prosedures in ChemSpider SyntheticPages met meer praktiese besonderhede gegee. Informaliteit word aangemoedig. Kommentaar deur voorleggers is ook hierby ingesluit. Ander publikasies met vergelykbare hoeveelhede detail sluit in organiese sintese en anorganiese sintese . Die SyntheticPages-webwerf is oorspronklik opgerig deur professore Kevin Booker-Milburn ( Universiteit van Bristol ), Stephen Caddick ( University College in Londen ), Peter Scott ( Universiteit van Warwick ) en dr Max Hammond. In Februarie 2010 is 'n samesmelting ^[17] met die soekenjin ChemSpider van die Royal Society of Chemistry en die vorming van ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP) aangekondig .

Maak FAKTE oop

ChemSpider het as chemiese verbindingstoorplek deelgeneem as deel van die Open PHACTS- projek, 'n inisiatief vir innoverende medisyne . OOP FAKTE ontwikkel om oop standaarde te hê, met 'n oop toegang, semantiese webbenadering om knelpunte in die ontdekking van geneesmiddels met klein molekules aan te spreek - uiteenlopende inligtingsbronne, gebrek aan standaarde en inligtingoorlading. ^[18]

Sien ook

NIST
PubChem
DrugBank
ChEBI
KAMPEL
Sagteware vir molekulêre modellering

Verwysings

^ Van Noorden, R. (2012). "Chemie se web van data brei uit" . Natuur . 483 (7391): 524. Bibcode : 2012Natur.483..524V . doi : 10.1038 / 483524a . PMID 22460877 .
^ "ChemSpider Blog» Blogargief »ChemSpider aanvaar Creative Commons-lisensies" . www.chemspider.com . Gearchiveer vanaf die oorspronklike op 2015-04-02 . Besoek op 21/03/2014 .
^ Antony John Williams (Jan – Feb 2008). "ChemSpider en sy groeiende Web: Building n Struktuur-Centric Gemeenskap vir Chemici" . Chemie Internasionaal . 30 (1).
^ Williams, AJ (2008). "Openbare databasisse vir chemiese verbindings". Huidige mening oor die ontdekking en ontwikkeling van geneesmiddels . 11 (3): 393–404. PMID 18428094 .
^ Brumfiel, G. (2008). "Chemici draai 'n web met data" . Natuur . 453 (7192): 139. Bibcode : 2008Natur.453..139B . doi : 10.1038 / 453139a . PMID 18464701 .
^ Williams, AJ (2011). "Chemspider: 'n platform vir Crowdsourced-samewerking om data te versamel wat van openbare databasisse saamgestel word". Samewerkende rekenaartegnologieë vir biomediese navorsing . bl. 363–386. doi : 10.1002 / 9781118026038.ch22 . ISBN 9781118026038.
^ Pence, HY; Williams, A. (2010). "ChemSpider: 'n aanlyn bron vir chemiese inligting". Tydskrif vir Chemiese Onderwys . 87 (11): 1123. Bibcode : 2010JChEd..87.1123P . doi : 10.1021 / ed100697w .
^ "Gegevensbronne" . Chemspider . Besoek op 16 Mei 2019 .
^ "ChemSpider Blog» Blogargief »Die Amerikaanse EPA DSSTox Browser verbind met ChemSpider" . ChemSpider. 23 Augustus 2008. Gearchiveer vanaf die oorspronklike op 7 November 2017 . Besoek op 7 November 2017 .
^ Hettne, KM; Williams, AJ; Van Mulligen, EM; Kleinjans, J .; Tkachenko, V .; Kors, JA (2010). "Outomatiese teen Handleiding kurasie van 'n multi-bron chemiese woordeboek: Die impak op teks mynbou" . Tydskrif vir Cheminformatika . 2 (1): 3. doi : 10.1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846 .
^ "ChemSpider Blog» Blogargief »Wie wil die hele ChemSpider-databasis hê?" . www.chemspider.com . Gearchiveer vanaf die oorspronklike op 24-09-2015 . Besoek op 18/04/2014 .
^ "ChemSpider in die App Store" . App Store .
^ "ChemSpider Mobile - Android-programme op Google Play" . play.google.com .
^ Welkom ChemMantis by ChemZoo en 'n oproep vir bydraes van die gemeenskap, 2008-10-23, A. Williams, blogpos Argief 2015-09-24 by die Wayback Machine
^ "RSC verkry ChemSpider" . Royal Society of Chemistry. 11 Mei 2009 . Besoek op 11-05-2009 .
^ "ChemSpider SyntheticPages" . ChemSpider Synthetic Pages . Royal Society of Chemistry . Besoek op 26 Junie 2012 .
^ "ChemSpider en SyntheticPages ondersteun sintetiese chemie" . RSC Uitgewery . Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. Op 26 Julie 2012 vanaf die oorspronklike argief . Besoek op 26-06-2012 .
^ Williams, AJ ; Harland, L .; Groth, P .; Pettifer, S .; Chichester, C .; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N .; Ecker, G .; Goble, C .; Mons, B. (2012). "OOP FEITE: semantiese interoperabiliteit vir die ontdekking van geneesmiddels" . Dwelmontdekking vandag . 17 (21–22): 1188–1198. doi : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805 .

[1] Van Noorden, R. (2012). "Chemie se web van data brei uit" . Natuur . 483 (7391): 524. Bibcode : 2012Natur.483..524V . doi : 10.1038 / 483524a . PMID 22460877 .

[2] "ChemSpider Blog» Blogargief »ChemSpider aanvaar Creative Commons-lisensies" . www.chemspider.com . Gearchiveer vanaf die oorspronklike op 2015-04-02 . Besoek op 21/03/2014 .

[3] Antony John Williams (Jan – Feb 2008). "ChemSpider en sy groeiende Web: Building n Struktuur-Centric Gemeenskap vir Chemici" . Chemie Internasionaal . 30 (1).

[4] Williams, AJ (2008). "Openbare databasisse vir chemiese verbindings". Huidige mening oor die ontdekking en ontwikkeling van geneesmiddels . 11 (3): 393–404. PMID 18428094 .

[5] Brumfiel, G. (2008). "Chemici draai 'n web met data" . Natuur . 453 (7192): 139. Bibcode : 2008Natur.453..139B . doi : 10.1038 / 453139a . PMID 18464701 .

[6] Williams, AJ (2011). "Chemspider: 'n platform vir Crowdsourced-samewerking om data te versamel wat van openbare databasisse saamgestel word". Samewerkende rekenaartegnologieë vir biomediese navorsing . bl. 363–386. doi : 10.1002 / 9781118026038.ch22 . ISBN 9781118026038.

[7] Pence, HY; Williams, A. (2010). "ChemSpider: 'n aanlyn bron vir chemiese inligting". Tydskrif vir Chemiese Onderwys . 87 (11): 1123. Bibcode : 2010JChEd..87.1123P . doi : 10.1021 / ed100697w .

[8] "Gegevensbronne" . Chemspider . Besoek op 16 Mei 2019 .

[ChemSpider-_23_August_2008_-_The_US_EPA_DSSTox_Browser_Connects_to_ChemSpider-9] "ChemSpider Blog» Blogargief »Die Amerikaanse EPA DSSTox Browser verbind met ChemSpider" . ChemSpider. 23 Augustus 2008. Gearchiveer vanaf die oorspronklike op 7 November 2017 . Besoek op 7 November 2017 .

[10] Hettne, KM; Williams, AJ; Van Mulligen, EM; Kleinjans, J .; Tkachenko, V .; Kors, JA (2010). "Outomatiese teen Handleiding kurasie van 'n multi-bron chemiese woordeboek: Die impak op teks mynbou" . Tydskrif vir Cheminformatika . 2 (1): 3. doi : 10.1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846 .

[11] "ChemSpider Blog» Blogargief »Wie wil die hele ChemSpider-databasis hê?" . www.chemspider.com . Gearchiveer vanaf die oorspronklike op 24-09-2015 . Besoek op 18/04/2014 .

[12] "ChemSpider in die App Store" . App Store .

[13] "ChemSpider Mobile - Android-programme op Google Play" . play.google.com .

[14] Welkom ChemMantis by ChemZoo en 'n oproep vir bydraes van die gemeenskap, 2008-10-23, A. Williams, blogpos Argief 2015-09-24 by die Wayback Machine

[15] "RSC verkry ChemSpider" . Royal Society of Chemistry. 11 Mei 2009 . Besoek op 11-05-2009 .

[16] "ChemSpider SyntheticPages" . ChemSpider Synthetic Pages . Royal Society of Chemistry . Besoek op 26 Junie 2012 .

[17] "ChemSpider en SyntheticPages ondersteun sintetiese chemie" . RSC Uitgewery . Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. Op 26 Julie 2012 vanaf die oorspronklike argief . Besoek op 26-06-2012 .

[18] Williams, AJ ; Harland, L .; Groth, P .; Pettifer, S .; Chichester, C .; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N .; Ecker, G .; Goble, C .; Mons, B. (2012). "OOP FEITE: semantiese interoperabiliteit vir die ontdekking van geneesmiddels" . Dwelmontdekking vandag . 17 (21–22): 1188–1198. doi : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805 .

[3]